МОУ СОШ № 3 г. Кондопоги РК размещается в типовом здании 1987 года постройки. Здание школы состоит из трёх корпусов и пристройки, в которой находится бассейн (в настоящее время не эксплуатируется, т.к. находится в аварийном состоянии). Общая площадь всех помещений школы составляет 5732 кв.м. Все корпуса школы соединены между собой закрытыми переходами. В двух из них (главном корпусе и корпусе начальной школы) размещены кабинеты, предназначенные для организации учебного процесса. В третьем корпусе размещены столовая, актовый (концертный) и спортивный (большой спортивный) залы.
На первом этаже главного корпуса находятся приёмная директора школы, библиотека, кабинеты технологии и музыки, мастерские (столярная и слесарная), раздевалки и школьные музеи. На первом этаже корпуса начальной школы размещены кабинеты центра «Точка роста», школьное кафе, тренажёрный и малый спортивный залы.
В школе есть медицинский и прививочный кабинеты. Отдельные кабинеты выделены для работы социальному педагогу, педагогу-психологу и учителю-логопеду.
За весь период работы школы капитальных ремонтов в здании школы не проводилось.