9 июля 1987 года в г. Кондопога была сдана в эксплуатацию новая школа. Строительство здания школы на 1176 мест было профинансировано Кондопожским ЦБК (целлюлозно-бумажным комбинатом) им. С.М. Кирова. Директором школы был назначен Пийпаринен Армас Тойвович, который руководил школой 29 лет.
1 сентября 1987 года Средняя общеобразовательная школа № 3 открыла свои двери 895 ученикам. К работе приступили 54 педагога. Первым завучем по учебно-воспитательной работе стала Васильева Лариса Витальевна, завучем по учебно-воспитательной работе в начальных классах — Мартынова Людмила Петровна, организатором воспитательной работы — Кокина Екатерина Александровна. Первой пионерской вожатой — Бородавко Ирина Ивановна.
Первый выпуск состоялся в июне 1989 года, аттестаты о среднем образовании получили 55 выпускников. За все эти годы в нашей школе получили среднее образование 1307 выпускников из 61 выпускного класса.
К пятилетнему юбилею школы появились первые медалисты. Всего за эти годы с «золотой» медалью школу закончили 9 человек, 26 человек — с «серебряной» медалью и 29 человек награждены медалью «За особые успехи в учении».
В 1999 году школа получила статус базовой школы с этнокультурным финно-угорским компонентом образования.
В 2004 году Средняя общеобразовательная школа № 3 переименована в Муниципальное общеобразовательное учреждение средняя общеобразовательная школа № 3 г. Кондопоги Республики Карелия.
В октябре 2007 года школа стала победителем конкурса общеобразовательных учреждений Республики Карелия, внедряющих в образовательный процесс физкультурно-спортивные технологии, получив от правительства республики денежное поощрение в размере 620 тыс. руб.
15.05.2008 года приказом № 146 министр образования Российской Федерации А. Фурсенко утвердил победителей Всероссийского конкурса образовательных учреждений, внедряющих инновационные образовательные программы, проводимого в рамках приоритетного национального проекта «Образование». В этом списке вторую позицию среди школ — победителей из Республики Карелия занимает Муниципальное общеобразовательное учреждение средняя общеобразовательная школа № 3 г. Кондопоги РК. Благодаря победе в этом конкурсе школа получила 1000000 руб. на переоснащение и модернизацию образовательного процесса.
В июне 2009 года школа получила лицензию на право преподавания образовательных программ социально — экономического и физико — технического профилей на уровне среднего общего образования.
1 сентября 2016 года Постановлением Администрации Кондопожского муниципального района директором школы назначена Титова Эльвира Александровна, проработавшая до назначения на должность в этой школе учителем математики 22 года.